Kuģi no Latvijas Kuģu reģistra izslēdz pamatojoties uz kuģa īpašnieka rakstisku iesniegumu šādos gadījumos:
- kuģis gājis bojā;
- noticis jūras negadījums, kā rezultātā kuģis guvis ievērojumus bojājumus un kuģa īpašnieks nolēmis kuģi neatjaunot;
- kuģis ir pazudis bez vēsts;
- izbeigta kuģa ekspluatācija;
- kuģis tiek pārreģistrēts citas valsts kuģu reģistrā.
Kuģi, kas reģistrēts uz berbouta vai menedžmenta līguma pamata, izslēdz no Kuģu reģistra:
- pēc kuģa reģistrācijas termiņa beigām
- pēc pamatreģistrācijas (sākotnējās reģistrācijas) valsts reģistra pieprasījuma (tikai kuģim, kas reģistrēts uz berbouta līguma pamata.)
- pamatojoties uz kuģa īpašnieka un kuģa fraktētāja vai menedžera rakstisku pieprasījumu
- pamatojoties uz kuģa īpašnieka rakstisku pieprasījumu, ja līgums tiek lauzts vienpusēji.
Izslēdzot kuģi, īpašnieks Kuģu reģistrā iesniedz:
- rakstisku iesniegumu, norādot izslēgšanas iemeslu. Ja kuģim ir izsniegta Īpašuma apliecība, iesniegums ir sastādīts notariāla akta kārtībā;
- apgrūtinājuma turētāja (ja tāds ir) rakstisku piekrišanu;
- kuģu reģistratora izsniegtās apliecības (vai arī publikāciju Latvijas Vēstnesī, ka sakarā ar kuģa bojāeju nozaudētie dokumenti ir uzskatāmi par nederīgiem.);
- pirkuma līgumu (kopiju), ja kuģis tiek pārdots;
- VAS “Elektronisko Sakaru direkcija” izsniegtu izziņu, ka kuģim ir noņemts izsaukuma signāls, ja tāds ir bijis.
Izslēdzot kuģi, kas reģistrēts uz menedžmenta līguma pamata, Latvijas Kuģu reģistrs par kuģa izslēgšanu informē apgrūtinājumu turētāju. Izslēdzot kuģi no kuģu berbouta reģistra grāmatas, Latvijas Kuģu reģistrs par izslēgšanas faktu paziņo kuģa pamatreģistrācijas valsts reģistram.
Kuģi no Latvijas Kuģu reģistra izslēdz, ja tiek konstatēts, ka kuģis jau ir reģistrēts citas valsts reģistrā. Par to tiek paziņots attiecīgās ārvalsts kuģu reģistram.
Kuģu reģistratoram ir tiesības anulēt kuģa reģistrāciju, ja tiek konstatēti kuģim raksturīgo nacionālo pazīmju slēpšana, vai ir konstatēts, ka attiecībā uz kuģi netiek ievērotas būtiskas starptautisko tiesību normu un Latvijas normatīvo aktu prasības un kuģis faktiski ir zaudējis patieso saikni ar Latvijas valsti.
